Das Planungsteam des Si-M koordiniert gemeinsam die Planungsphase in enger Abstimmung mit dem Bauherren und dem beauftragten Architekten-Team.  Dem Team ist eine enge Vernetzung des entstehenden Si-M in der Berliner Wissenschaftslandschaft ein Kernanliegen. Daher unter Anderem findet ein kooperativer Austausch mit dem Charité 3R, dem Einstein Center 3R, sowie zahlreichen Forschungsverbünden an der  TU Berlin, der Charité – Universitätsmedizin und der Berlin University Alliance statt.